Отдел охраны функционирует с момента создания заповедника. Сотрудники отдела:
- осуществляют государственный контроль за соблюдением установленного режима охраны;
- в летний период наблюдают за лесными пожарами и занимаются их ликвидацией;
- ведут служебные дневники и прочую документацию, в которой фиксируют фенологические и иные наблюдения;
- участвуют в учетных и инвентаризационных работах, связанных с выполнением научных задач;
- проводят разъяснительную работу среди населения по предупреждению нарушений режима особой охраны заповедной территории и правилам пожарной безопасности в лесах.
- занимаются постройкой новых кордонов и ремонтом старых.
- сопровождают туристические группы в период их прохождения по территории заповедника.
На сегодняшний день отдел охраны имеет хорошее материально-техническое оснащение: автомобили повышенной проходимости (ЗИЛ-131, Егерь -2 , УАЗ-31514), снегоболотоход ГАЗ-34039, снегоходы “Буран”, лодки с подвесными моторами, средства радиосвязи, спутниковые телефоны, служебное оружие.
Заповедник удален от промышленных и сельскохозяйственных зон. Плотность населения на примыкающих к нему территориях, как и во всем Верхнебуре
инском районе, сравнительно низка. Территория заповедника труднодоступна, а в межсезонье – недоступна для наземного и водного транспорта. Как следствие, нарушения заповедного режима фиксируются крайне редко. С 2000 по 2012 год было выявлено всего 19 таких случаев.
Наиболее уязвимые точки, через которые возможно проникновение нарушителей заповедного режима, перекрыты в результате удачного выбора мест расположения главных кордонов заповедника (схема расположения кордонов заповедника): в районе слияния рек Левая и Правая Бурея; в районе пос. Софийск, где имеется участок т.н. «Царской дороги», пересекающей заповедник в верховьях Правой Буреи.
Из-за удаленности заповедника и, как следствие, трудностей связанных с заездом на его территорию, инспектора живут на кордонах по 1-2 месяца безвыездно. Штат инспекторов позволяет сформировать несколько групп, которые сменяют друг друга на кордонах. Связь с офисом осуществляется по рации. На случай нештатных ситуаций каждая заезжающая группа обеспечивается спутниковым телефоном. Все это обеспечивает эффективную охрану территории. В 2014 году в результате грамотно организованной работы отдела охраны удалось не допустить ни одного факта незаконного проникновения на территорию заповедника.
Для заповедника актуальна проблема лесных пожаров. При этом следует учесть малую роль в их возникновении антропогенного фактора в связи с практически полной недоступностью ООПТ для посторонних лиц. Все пожары, приходящиеся на весенне-летние месяцы, возникают от природных причин, главным образом – сухих гроз. Весьма сложным в отношении пожаров был 1998 год, когда тайга горела больше месяца, и за 40 дней сгорело около 8 тыс. га леса. В 2014 г. на территории заповедника зарегистрирован один пожар, площадью 130 га. Невозможность успешной борьбы с пожарами в наших условиях определяется труднодоступностью мест возгорания (в большинстве случаев пожар начинается с вершины сопок, которые удалены от воды на значительное расстояние и не имеют подъездных путей). Основным условием ликвидации лесных пожаров на сегодняшний день продолжают оставаться обильные дожди.
Силами сотрудников отдела охраны ежегодно проводятся зимние учеты животных. Из-за сложностей, связанных с тяжелыми климатическими условиями (морозы порой достигают -50оС) и труднодоступностью большей части территории заповедника, учеты проводятся в двух наиболее доступных районах: южном и северо-западном. Километраж пройденных маршрутов составляет не менее 350 км. Данные учетов затем экстраполируются на всю территорию заповедника.
В 2018 году создан ГИС-проект, посвященный зимним учетам млекопитающих в заповеднике, в котором визуализируются данные зимних маршрутных учетов начиная с 2017 года. Веб-версия проекта размещена на геопортале GeoMixer и доступна для просмотра всеми желающими. На интерактивную карту нанесены все учетные маршруты. При клике на маршрут появляется окно с информацией о маршруте, количестве учтенных животных, в конце имеются ссылки на сводную таблицу данных и методику учетов.
В настоящее время в заповеднике активно развивается экологический туризм. Госинспектора занимаются созданием туристической инфраструктуры: строительство гостевых домиков, обустройство стоянок с навесами и местами для безопасного разведения костра. Сопровождение туристических групп также входит в обязанности сотрудников отдела охраны.